Algunos microorganismos beneficiosos, como ciertas cepas de Pseudomonas fluorescens y de Trichoderma spp. entre otros, son capaces de inducir una resistencia que tiene efectos sistémicos llamada ISR (del inglés, induced systemic resistance). Este tipo de resistencia se caracteriza por ser dependiente de la señalización mediante las hormonas ácido jasmónico y etileno. En cambio la inducción por SAR, que está relacionada con el ácido salicílico y proteínas PR o proteínas relacionadas con la patogénesis.

Una de las características más importantes de la ISR es que justo después de la interacción con el microorganismo beneficioso no se detecta la acumulación de compuestos de defensa, a diferencia de lo que sucede con la SAR*. En cambio, cuando la planta es posteriormente atacada por un patógeno sí se observa una respuesta de defensa más rápida e intensa, respecto a la que tendría la planta si fuese atacada por el patógeno y no hubiera sido estimulada por el microorganismo beneficioso. Este fenómeno, que a menudo se describe como un “efecto vacuna”, en inglés se llama priming.

Una de las ventajas que tiene el priming de la ISR respecto a la activación directa de respuestas de defensa, es el hecho de que la planta no debe invertir unos recursos en defensa que de otro modo hubiera invertido en crecimiento.